La Réforme avait établi un nouveau regard sur tout les éléments de la vie sociale, y compris la musique. L’orgue qui trônait magistralement dans les églises a pâti d’une réputation ostentatoire auprès des nouveaux maîtres religieux. Il fallut donc attendre de nombreux siècles – hormis Bâle qui leva l’interdit dès 1561 – pour que cet instrument, si adapté aux bâtiments chrétiens, fut introduit d’abord à Berne en 1726. Le pays vaudois, sous autorité bernoise, participa ainsi à la réhabilitation de cet instrument dans l’ensemble de la communauté protestante helvétique. Moudon possède depuis, le plus ancien instrument du canton de Vaud en activité, qui date de 1765. Lausanne avait retrouvé le sien en 1730. Depuis lors changé, l’actuel date de 2003.

L'orgue de Moudon, comme beaucoup d'autres en Suisse fut de conception étrangère. Les facteurs d'orgue nécessité, comme tout les autres artisans d'un très long apprentissage et d'un réseau important qu'il n'était plus possible d'avoir dans la Suisse réformée.

Il est l'oeuvre d'Adrien Joseph Pottier, français de Lille, qui proposa les schémas d'un instrument à cinq tuyaux.

Au final, les moudonnois, par souscription, réussirent rapidement à obtenir une importante somme d'argent. Les autorités envisagèrent d'ajouter deux tuyaux de plus à ce projet.

Ce fut le moment également d'aménager tout l'espace arrière de l'église pour installer le buffet confectionné par Jean-Louis Joly. Le décor fut confié à Joseph Dellion et Charles Puidoux.

L'expertise, dont on chargea l'organiste de Lausanne, encouragea à demander un apport correspondant au jeu de "mixture" indépendant, visible sur la façade de l'instrument.